La colección que exhibe el museo se inició cuando la Universidad de Buenos Aires crea la cátadra de Geología y Mineralogía en 1875. Desde 1878 hasta 1907 la misma fue dirigida por Eduardo Aguirre quien en 1903 comenzó en forma paralela el dictado de petrografía.
A partir de 1907 asume como Profesor de Mineralogía y Geología el Ing. Enrrique Martín Hermitte, egresado de la Escuela Superior de Minas de París. Gracias a su desempeño tanto en la UBA como en la División de Minas, Geología e Hidrología (de la cual fue Director) logró grandes avances en el conocimiento de la geología y los recursos minerales del País. Ejerció como Profesor durante 14 años en los cuales formó a quienes serían sus discipulos y sucesores.
En 1921 es nombrado profesor de mineralogía el Dr. Franco Pastore quien ejerció como tal por un período aproximado de veinte años. Durante este período se desempeñó tambien como geólogo de la Dirección General de Minas, Geología e Hidrología gracias a lo cual pudo realizar trabajos de campo y compilar una importante colección de rocas y minerales del Pais. Con estas muestras comienza a constituirse la actual colección del Museo de Mineralógia de la Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.
Años mas tarde le sucedió en el cargo otra discípula del Dr. Hermite: la Dra. Edelmira Inés Mórtola, quien consolidó la colección de minerales y fue la referente de la cátedra de mineralogía hasta el año 1960.